1. 区域差异过大。按照村镇银行设立的初衷和考虑，村镇银行应当适度向中西部欠发达地区和乡镇、县域布局。根据2018年银保监数据显示，从四大经济区域来看，东部地区拥有村镇银行数量最多，为542家，占全国比重34%；其次为中部地区，拥有村镇银行数量417家，占比26%，国家对中西部积极的金融扶持政策取得了一定的效果，但仍呈现区域差异化。
2. 草根属性，发展不均衡。部分村镇银行虽冠村镇之名，但为了经营发展，将网点集中在城市区域，与业务发展的初衷仍然有一定的违背，众多村镇银行资质良莠不齐，只有发起行具备小微业务的属性，才可能经营好村镇银行，但很多村镇银行的发起行并不具备开展小微业务的成熟经验，因此发起好资质好的银行一般来说业务相对好，呈现发展不均衡的情况，如“银座系”村镇银行不管是规模还是收益都处于行业第一梯队，浙江龙游义商村镇银行多年难以盈利，股东矛盾日益深化，曾发生“乌龙公告”等情况。
3. 盈利能力不足，经营压力较大。部分村镇银行出于经营压力的考虑，将展业目标对准了县城客户以及非农业，但这一类客户往往已经被商业银行和农村信用社占领，进入的难度很大。再加上村镇银行、农商行、信用社的金融产品和服务同质化程度较高，村镇银行摒弃其本身的小微方向很难有所突破。互联网金融的冲击，手机银行、微信、支付宝等的下沉，也抢食了不少县域和农村客户，让村镇银行的经营更加困难。
4.品牌营销力较弱，资金来源不足。村镇银行网点数量少，难以形成大面积的辐射吸储功能；村镇银行的品牌力不足，社会公信力缺乏，往往被大众误以为是“私人”的银行，也造成了村镇银行揽储工作的困难。
5.业务风险较大。村镇银行的市场中心在于所处的县域或者村域，而由于其经济特性、文化作风的高度趋同性，我国农村金融往往暴露出风险单一、风险集中度、违约成本低等特点。
